新农合二档参保人员在三甲医院就医时，其医保报销比例一般为60%，具体金额需根据地区政策和个人缴费档次确定。

1. 报销比例的构成

• 基本报销比例：新农合二档在三甲医院的报销比例为60%，但实际报销金额还受起付线、封顶线和报销范围的影响。
• 起付线：三甲医院的起付线通常为800元，第二次及以上住院起付线降低50%，第三次及以上每次仅需支付100元。
• 封顶线：一个医保年度内，医疗费用报销的封顶线通常为10万元，超出部分需个人承担。

2. 影响报销比例的因素

• 地区差异：不同地区的报销政策可能存在差异，例如偏远地区三甲医院的报销比例可能略高。
• 医院等级：三甲医院的报销比例通常低于基层医疗机构（如一级医院报销比例可达80%-90%）。
• 特殊人群：低保对象等特殊人群可能享受额外的报销帮扶政策。

3. 报销流程

• 异地就医备案：参保人员需提前办理异地就医备案，在备案医院就医时可直接联网结算。
• 材料准备：报销时需提供医疗费用清单、发票、身份证、医保卡等材料。
• 注意事项：未备案的异地就医，报销比例可能降低10%，且需回参保地手工报销。

4. 其他补充信息

• 门诊报销：部分地区的门诊特殊病种（如恶性肿瘤门诊放化疗）可按门诊慢病政策报销，报销比例通常为50%-70%。
• 慢性病报销：已认定为慢性病的参保人员，其门诊治疗费用可按住院标准报销。

总结

新农合二档在三甲医院的报销比例为60%，但具体金额因地区政策、医院等级和个人情况而异。建议参保人员在就医前了解当地政策，并提前办理异地就医备案手续，以便享受更便捷的报销服务。