农村合作医疗卡余额消失的原因及处理方式如下：

一、主要原因分析

1. 政策调整导致账户清零

   部分地区已取消家庭账户，实行门诊统筹，个人账户资金被纳入统筹使用，导致余额清零。例如河南省自2010年起取消家庭账户，统一门诊报销。

2. 存在“阴阳卡”现象

   若存在多张医保卡（如个人卡与村委会代管的资格卡），任一账户余额用尽会导致另一账户清零。

3. 账户类型与查询差异

   农合卡通常无个人账户余额，仅限门诊统筹报销；部分查询方式可能仅显示个人账户，未显示统筹账户余额。

二、处理建议

1. 核实账户类型

   确认是否为门诊统筹类型，若需个人账户余额，可咨询当地医保部门是否恢复家庭账户功能。

2. 检查“阴阳卡”情况

   若存在代管账户，需联系村委会或医保部门处理，避免重复扣款。

3. 正确查询余额

   通过医保官网、银行第三方平台或线下窗口查询统筹账户余额，而非仅查看个人账户。

4. 关注政策动态

   新农合政策可能调整，建议定期咨询当地医保局，了解最新补偿机制。

总结 ：余额消失可能与政策调整、账户管理或查询方式有关，建议通过官方渠道核实具体原因并处理。