灵活就业医保与职工医保在待遇上大体相似，但存在一些关键差异，如个人账户设置、生育保险参与情况等。

1. 个人账户设置：职工医保通常会为参保人建立个人账户，账户内的资金可用于支付门诊费用、药店购药等；而灵活就业医保多数情况下不建立个人账户（原建立的除外），缴费全部进入统筹账户，不过部分地区可选择按一定费率建立账户，但本质上资金仍属于自己。（参考、4）
2. 生育保险参与情况：职工医保一般涵盖生育保险，参保人可享受相关生育待遇；灵活就业医保不参加生育保险，但生育时可享受一次性生育补助金。（参考）
3. 缴费主体与方式：职工医保由用人单位和职工共同缴纳，缴费基数和比例相对固定；灵活就业医保由个人全额承担，缴费基数可在当地社平工资的一定范围内自主选择，缴费比例各地也有所不同。（参考、3、4）
4. 退休待遇条件：两者均需满足当地规定的医保缴费年限，男性一般缴满30年、女性25年，退休后均可终身享受医保待遇。不过灵活就业人员在退休时若年限不足，可能需按退休时基数补缴，费用相对较高。（参考）
5. 保障范围与报销比例：两类医保覆盖的住院、门诊、药品费用等保障范围基本一致，报销比例也大致相同，部分地区甚至将两类医保合并，缴费基数高低不影响报销比例。（参考）

总体而言，职工医保和灵活就业医保在待遇上核心保障相似，但在细节方面存在差异，参保人可根据自身情况选择适合的医保类型。