工程税率3%和9%的核心区别在于计税方式、发票类型及适用场景，具体如下：

一、计税方式差异

1. 9%税率（一般计税）

   • 采用 不含税收入×9% 的公式计算，允许抵扣进项税额（如材料、设备采购等）。

   • 适用于 包工包料工程 、 房地产开发企业施工业务 等场景。

2. 3%税率（简易计税）

   • 采用 含税收入÷（1+3%）×3% 的公式计算， 不可抵扣进项税 ，税负固定。

   • 适用于 清包工 、 甲供工程 、 建筑工程老项目 （2016年4月30日前开工）等场景。

二、发票类型不同

• 9%税率 ：需开具 增值税专用发票 ，业主可抵扣进项税。

• 3%税率 ：仅能开具 增值税普通发票 ，业主无法抵扣。

三、适用场景对比

• 9%税率 ：适用于 新建项目 （2016年5月1日后开工）及 正常建筑服务 （如修缮、装饰等）。

• 3%税率 ：适用于 老项目 、 甲供工程 、 清包工 （仅提供人工）等特殊场景。

四、关键结论

税率选择取决于项目类型和计税方式，而非单纯税率高低。施工方需根据合同条款明确适用规则，并在合同中约定计税方式以避免争议。