关于工程款中9%和13%的税率区别，综合权威信息整理如下：

一、税率适用范围

1. 9%税率

   适用于建筑服务，包括各类建筑物、构筑物及其附属设施的建造业务活动。例如防腐保温工程、建筑安装工程等。

2. 13%税率

   适用于销售货物（如设备）或提供加工、修理修配劳务。若建筑施工项目同时涉及材料销售，则整体适用13%税率。

二、核心区别

• 交易性质 ：9%对应的是建筑服务的增值部分，而13%对应的是有形商品或劳务的销售。

• 历史政策差异 ：部分早期工程可能按13%税率开具发票，但根据2023年增值税改革调整，建筑服务统一降至9%。

三、特殊情况说明

• 混合业务处理 ：若一项工程同时包含建筑服务和材料销售，需根据主要业务性质判断适用税率，或分别核算后适用不同税率。

• 小规模纳税人 ：适用3%征收率（2023-2027年减按1%）。

四、相关税费计算

• 增值税 ：按不含税金额×税率计算，例如1000万工程款若按9%税率，增值税为90万。

• 附加税费 ：包括城建税（7%/5%/1%）、教育费附加（3%）等，以增值税为计税基础。

建议根据具体业务类型与税务机关确认适用税率，避免因政策调整或业务界定差异产生税务风险。