内蒙古自治区的行政区划名称差异主要源于蒙古语体系与历史沿革的结合，具体原因如下：

1. 蒙古语命名体系

   内蒙古的盟、旗、苏木等名称源自蒙古语音译。例如：

   • 盟 ：蒙古语中指较大的行政区划单位（如锡林郭勒盟、兴安盟）；

   • 旗 ：多用于县市区级单位（如土默特左旗）；

   • 苏木/嘎查 ：分别对应乡镇和村级单位。

2. 历史沿革影响

   • 清代将蒙古部落划分为“内札萨克蒙古”（内蒙古前身）和“外札萨克蒙古”（如喀尔喀部），后演变为现代行政区划；

   • 1947年成立内蒙古自治区时，沿用蒙古语体系保留了盟、旗等传统称谓。

3. 行政层级差异

   • 市 ：地级市（如呼和浩特市、包头市）直接沿用“市”这一名称；

   • 旗/县 ：县与旗的区分源于蒙古语对不同规模行政区的传统划分，旗多对应蒙古语中的“旗”（如左旗、右旗）。

4. 民族特色与现代调整

   部分地区保留传统蒙古语名称以体现民族文化，同时结合现代行政需求进行细分（如自治旗、县级市等）。

内蒙古的“市”“旗”等名称既保留了蒙古语的历史传承，又适应了现代行政区划的复杂性。