公司股东撤股清算费用的计算需遵循以下原则和步骤，具体如下：

一、清算费用优先扣除

清算费用是股东撤股时必须优先支付的费用，包括但不限于：

1. 清算机构费用 ：如聘请专业清算机构的服务费；

2. 律师费 ：处理法律程序相关费用；

3. 公告费 ：公告债权人等必要支出。

二、职工工资与社保费用

在清算资产所得中，需依次扣除：

1. 职工工资 ：按实际发放金额支付；

2. 社会保险费 ：包括养老、医疗等法定费用。

三、债务清偿顺序

剩余资产需优先用于清偿公司债务，包括：

1. 银行借款 ；

2. 应付账款 ；

3. 其他债务 （如税费、合同欠款等）。

四、剩余资产分配

债务清偿完毕后，剩余资产按股东持股比例分配，具体规则：

1. 按比例分配 ：股东按其出资额或股权比例获取剩余资产；

2. 税务处理 ：若分配金额超过初始投资，需缴纳个人所得税（自然人股东）或企业所得税（法人股东）。

五、特殊情况处理

• 无清算需求 ：若股东由其他股东接收股权，仅需按净资产计算转让所得或损失，无需清算；

• 税务合规 ：自然人股东需对股权转让所得缴纳个人所得税，法人股东需对收益部分纳税。

总结 ：股东撤股清算费用以清算费用为起点，依次扣除工资、社保及债务，剩余资产按比例分配，同时需注意税务处理。具体操作需结合公司章程和税法规定。