考上博士后，三方协议是否会自动解除，需要分情况讨论，以下是具体分析：

三方协议的性质及一般解除条件

三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业过程中的权利和义务的书面协议。一般来说，毕业生到单位报到、用人单位正式接收后，三方协议自行终止。

考上博士后三方协议的解除情况

• 协议中有明确约定：如果三方协议中明确约定了“考上研究生或博士等升学情况协议自动解除”，那么在这种情况下，考上博士后，三方协议会自动解除，无需支付违约金。

• 协议中无明确约定：如果三方协议中没有关于升学自动解除的约定，那么考上博士后，三方协议并不会自动解除。此时，需要与用人单位协商解除协议。如果用人单位同意解除，可以按照协商的结果办理相关手续；如果用人单位不同意解除，可能需要支付违约金。

定向培养协议的情况

对于签订了定向培养协议的博士生，协议通常会规定毕业后需回到定向单位工作，这种情况下，考上博士并不意味着原三方协议自动解除，因为定向培养协议的目的是为了确保毕业生回到定向单位工作。如果想解除协议，需要与定向单位和学校协商，可能需要承担相应的违约责任。

法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条和第五百六十三条，当事人协商一致可以解除合同，或者在合同中约定一方解除合同的事由，当解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。

总结

考上博士后，三方协议是否会自动解除，主要取决于三方协议中的具体约定。如果有明确的升学自动解除条款，则会自动解除；如果没有，则需要与用人单位协商解除，可能涉及违约金的支付。定向培养协议的情况则更为特殊，需要根据协议的具体条款和相关法律法规来处理。