​​《秘密入侵》漫画结局的核心亮点在于斯库鲁人领导者格拉威被嘉雅击杀，尼克·弗瑞揭示斯库鲁人渗透事件真相，美国总统转向敌对外星人政策，罗德被解救并暴露为长期被掉包，法拉成为斯库鲁人与地球的和平协调者。​​

​​格拉威之死与嘉雅上位​​
漫画结局中，嘉雅利用“收成”计划获取多名超级英雄的超能力，包括浩克、惊奇队长甚至灭霸的DNA，最终在与格拉威的战斗中使用惊队力量将其击杀，成为斯库鲁人百万族群的领袖。这一设定颠覆传统反派洗白逻辑，将嘉雅推向权力巅峰，同时埋下未来与新领袖法拉冲突的伏笔。

​​尼克·弗瑞的双重布局​​
尼克·弗瑞在结局中揭示斯库鲁人已渗透地球多年，甚至替换多位人类高层（如瘫痪的“战争机器”罗德从《美队3》后便被掉包）。他推动总统签署反外星人法案，却暗中扶持神剑局掌权，同时计划与法拉重启克里人和斯库鲁人的和平对话，以平衡地球与外星势力矛盾。

​​地球政治剧变与后续伏笔​​
罗德的解救直接关联《装甲战争》剧情线，瘫痪状态的细节暗示其曾被长期改造；总统因危机退位，由“罗斯将军”接任，为《美队4》埋下政治斗争伏笔。神剑局被地球人接管，成为对抗斯库鲁人残余势力的核心机构，而法拉作为斯库鲁外交官与弗瑞并肩，暗示跨物种联合抵抗未来威胁的可能性。

漫画《秘密入侵》结局通过紧凑对抗、角色反转与政治阴谋交织，抛出地球外星融合的长期矛盾，为漫威宇宙第四阶段埋下多重叙事张力。