关于工程款结算与纳税顺序的问题，综合相关法律法规及实务操作，具体说明如下：

一、税款缴纳与工程款支付的关系

1. 一般情况

   工程款结算时需先缴纳增值税，再支付工程款。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》和财税58号文件，纳税人提供建筑服务收到预收款的当天即产生纳税义务，但需先预缴增值税，实际结算时再根据实际金额调整。

2. 特殊场景

   • 若工程已通过验收且完成税金缴纳，财政部门会依法拨付工程款；

   • 部分情况下，税务机关允许以发票开具时间作为纳税义务发生时间。

二、纳税义务发生时间

• 预收款阶段 ：收到预收款的当天需预缴增值税，但无需实际缴纳；

• 结算阶段 ：工程进度结算后，根据实际金额补缴或退还多缴税款。

三、法律依据与注意事项

1. 增值税缴纳

   建筑服务预收款预缴增值税的比率为3%，且需在项目地或机构地预缴；

   • 若已开具发票，则以发票金额作为计税依据。

2. 其他税费

   除增值税外，还需申报并缴纳个人所得税、城建税、印花税等。

3. 合规要求

   • 需保存完整的发票、合同等凭证，以备税务机关核查；

   • 若未依法预缴税款，可能面临滞纳金或罚款。

四、总结流程

1. 预收款处理 ：收到预收款→预缴增值税→开具预收款发票；

2. 结算调整 ：工程进度结算→调整预缴税款→支付工程款；

3. 税务申报 ：按季度或月度申报增值税及附加税费。

建议施工企业根据具体合同条款和税务机关要求，制定规范的税务管理流程，避免因操作不当引发税务风险。