​​分公司通常需要独立申报增值税，但具体取决于是否独立核算及当地税务规定。关键点：①非独立核算分公司由总公司汇总纳税；②跨县市经营需在经营地预缴税款；③税务登记和开票资质决定申报义务。​​

若分公司独立核算且办理税务登记，必须单独申报增值税，包括开具发票、抵扣进项等完整流程。跨地区经营时，即使非独立核算，也可能需按收入比例在经营地预缴部分税款（如建筑行业按2%预缴）。未办理税务登记的分公司，所有收支纳入总公司统一申报。

分公司使用总公司资质开展业务时，需注意两点：一是合同签订主体与开票方必须一致，避免三流不合一风险；二是总公司汇总申报需包含全部分支机构数据。特殊行业如连锁超市，可申请总分机构增值税汇总申报资质，简化流程。

企业应重点核查三点：分支机构是否领取营业执照、是否开设银行账户、是否独立建账。同时关注地方政策差异，例如上海自贸区内分公司可享受增值税汇总申报便利。最终纳税方式需以税务机关核定为准，错误申报可能导致滞纳金或行政处罚。