需预缴后由总公司统一抵扣

非独立核算分公司的增值税申报需遵循以下步骤和注意事项：

一、增值税申报方式

1. 预缴与汇总抵扣

   非独立核算分公司需经总公司主管税务机关同意，实行增值税预征制度。分公司按需向当地主管税务机关申报并预缴增值税，但无需独立开具发票。 总公司统一进行增值税进项抵扣，形成增值税汇总申报。

2. 发票管理

   • 若分公司为一般纳税人，需通过税控系统完成抄税、审核、上传等流程；

   • 若为小规模纳税人，按销售额填写申报表，但发票由总公司统一开具。

二、申报时间与流程

1. 按月/季预缴

   分公司需按月或按季向所在地主管税务机关申报预缴增值税，具体时间要求由税务机关规定。

2. 年度清算

   年度终了后，总机构统一计算全年的应纳税额，抵减各分支机构已预缴的税款后，进行多退少补。

三、注意事项

1. 税务登记

   分公司需在总机构所在地或经营地办理税务登记，且税务事项需经总公司主管税务机关批准。

2. 账务处理

   • 需建立辅助账簿，记录业务活动，但财务核算由总公司统一管理；

   • 若分公司独立开具发票，需按一般纳税人流程操作。

3. 特殊情况处理

   • 跨县不跨市的分支机构，若开具发票，需在经营地申报缴纳增值税；

   • 若分公司与总公司业务重叠，需执行报账制度并办理相关证照。

四、法律依据

• 增值税 ：依据《中华人民共和国增值税暂行条例》及税务机关规定执行；

• 企业所得税 ：按《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，由总机构汇总缴纳。

通过以上步骤和注意事项，非独立核算分公司可规范完成增值税申报，降低税务风险。