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即使被执行人消失了两年，法院仍然有权采取相应的执行措施 。根据法律规定，申请强制执行的期限为两年，但并未规定两年后将无法执行。

1. 财产调查 ：法院有权根据申请人的申请或依职权，调查被执行人的财产，如存款、车辆、房屋等，并在发现财产后依法强制执行。

2. 终结本次执行程序与恢复执行 ：如果法院在调查过程中未发现被执行人的财产，也无法找到被执行人，会终结本次执行程序。但申请人可以在以后发现被执行人或发现被执行人财产时，向法院申请恢复执行，且恢复执行的时间不受限制。

3. 对被执行人的债权进行执行 ：如果债务上有保证人，法院可以向保证人主张债权。

4. 其他执行方式 ：法院还可以采取其他执行方式，如对被执行人的到期债权执行等。

5. 法律依据 ：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条，被执行人或者被执行的财产在外地的，可以委托当地人民法院代为执行。受委托人民法院收到委托函件后，必须在十五日内开始执行，不得拒绝。

综上所述，被执行人消失两年并不影响法院的执行工作。申请人应积极向法院提供被执行人的财产线索，以便法院能够及时采取执行措施。