根据相关法律法规和搜索结果，客运资格证过期3年的处理方式如下：

一、证件状态确认

1. 查询证件是否被注销

首需通过当地交通管理部门官网或线下窗口查询证件是否因超期被注销。若证件已被注销，则需重新申请。

2. 确认过期时间

客运资格证有效期通常为3年，若当前时间超过有效期3年且未被注销，则直接进入重新申请流程。

二、重新申请流程

若证件未被注销，需按以下步骤操作：

1. 准备申请材料

• 身份证原件及复印件

• 驾驶证原件及复印件

• 近期小二寸防伪白底彩照（部分地区需电子回执）

• 继续教育学习证明（部分地区要求）

• 无重大交通责任事故记录证明（驾驶大中型营运车辆需额外提供）

2. 参加培训与考试

需参加由当地交通管理部门认可的客运从业资格培训，并通过考试。考试内容通常包括客运安全知识、法律法规等。

3. 提交申请并等待审核

将材料及考试合格证明提交给交通管理部门，审核通过后领取新证件。

三、注意事项

1. 超期风险

客运资格证过期超过180天（即2年）可能被注销，导致无法继续从业。

若过期3年且未被注销，建议尽快处理，避免影响营运资质。

2. 地区差异

具体材料要求可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地交通管理部门。

3. 避免无证经营

若未及时换证且证件被注销，继续从事客运活动将面临法律处罚。

四、特殊情况处理

若因特殊原因无法及时换证（如健康问题、考试未通过等），可向当地交通管理部门申请延期或补考，但需提供充分证明材料。

以上信息综合自交通管理部门规定及法律咨询结果，具体操作请以当地最新政策为准。