客运资格证的办理部门及流程如下：

一、办理部门

1. 驾驶证核发地或户籍地市级交通管理部门

申请人需向机动车驾驶证核发地或户籍地（或暂住地）的 设区的市级道路运输管理机构 提出申请。

2. 特殊类型资格证

• 网络预约出租汽车驾驶员客运资格证 ：需通过全国网约车平台申请，线下办理需携带身份证、驾驶证原件及复印件至指定窗口办理。

• 北京客运资格证 ：需向北京市交通执法总队客运管理处申请。

二、办理条件

1. 基本条件

• 取得相应机动车驾驶证1年以上

• 年龄不超过60周岁

• 三年内无重大以上交通责任事故记录。

2. 其他要求

• 需通过 设区的市级道路运输管理机构 组织的 理论考试 （客运法律法规、机动车维修、旅客急救等）和 实际操作考试 。

三、办理流程

1. 提交材料

• 身份证、驾驶证、行驶证、车辆购置税证明等原件及复印件。

2. 参加考试

• 完成理论考试（机考）和实际操作考试。

3. 审核与领证

• 通过考试后，由道路运输管理机构审核材料、安排培训、签署承诺书，最终领取客运资格证。

四、注意事项

• 地区差异 ：不同城市具体流程可能略有差异，建议提前电话咨询当地交通管理部门。

• 代办要求 ：部分城市允许委托他人代办，需提供代办人身份证明。

以上信息综合了《机动车驾驶证申领和使用规定》《中华人民共和国道路运输条例》等法律法规。