邓愈作为明朝开国功臣，虽深受朱元璋器重，但其后代在洪武中后期遭到灭族之祸，主要原因可归纳如下：

一、直接导火索：卷入政治案件

1. ‌长子邓镇被控谋反‌
   邓愈长子邓镇袭爵后，因与李善长家族联姻，在1390年“胡惟庸案”中被朱元璋视为“逆党同谋”，以“参与谋反”罪名诛杀‌。尽管邓镇本人并无实质反叛证据，但朱元璋借此清除潜在威胁。

2. ‌女儿邓氏受秦王案牵连‌
   邓愈之女嫁予朱元璋次子秦王朱樉为妃。朱樉因僭越使用龙纹器物、虐待封地百姓等行为被朱元璋训斥，后暴毙。朱元璋认为邓妃曾怂恿朱樉僭越，将其赐死‌。

二、深层政治动因：朱元璋巩固皇权

1. ‌削弱功臣家族势力‌
   邓愈家族通过联姻与李善长（韩国公）、朱樉（藩王）形成复杂关系网，朱元璋担忧其威胁皇权稳定，借案件清洗以消除隐患‌。

2. ‌防范藩王与勋贵勾结‌
   邓氏联姻藩王触及朱元璋敏感神经。朱樉死后，朱元璋对邓妃的严惩实为警示其他藩王及勋贵，杜绝内外勾结的可能性‌。

三、历史背景：朱元璋晚年政策转向

1. ‌从“宽待功臣”到“大清洗”‌
   洪武初期朱元璋褒奖功臣（如封邓愈为卫国公），但中后期转为系统性清除功臣势力。邓愈家族因地位显赫且涉及多起案件，成为重点打击对象‌。

2. ‌强化专制集权的必然结果‌
   朱元璋为保障朱标（后朱允炆）顺利继位，不惜以极端手段消除“不稳定因素”。邓愈后代因身份敏感，成为皇权集中的牺牲品‌。

补充：邓愈家族的特殊性

• ‌功勋卓著却缺乏政治敏感‌
  邓愈本人虽“一生无过”‌，但其家族在洪武后期未能及时收敛权势，反而通过联姻扩大影响，加剧朱元璋猜忌‌。
• ‌封爵传承的脆弱性‌
  明朝爵位世袭需皇帝特批，邓镇被杀后，朱元璋以“谋逆”为由废除卫国公爵位，彻底断绝邓氏政治地位‌。

邓愈后代被灭族是朱元璋晚年强化专制、清洗功臣政策的典型案例，直接源于政治案件牵连，深层则与皇权巩固需求密切相关‌。