软件版权侵权的认定通常遵循“接触+实质性相似+排除合理解释”的原则，以下是具体的认定方法和要点：

1. 接触的认定

“接触”是指被控侵权人在创作其软件之前，有机会接触到原告享有著作权的软件。以下情况可以认定为“接触”：

• 直接接触：被控侵权人曾在原告处工作、参与过软件开发或使用过原告的软件。

• 间接接触：原告的软件已经公开发表，且发布时间早于被控侵权软件。

• 合理推断：被控侵权人与原告有业务往来、合作机会等，可合理推断其有机会接触到原告的软件。

2. 实质性相似的认定

实质性相似是指被控侵权软件与原告软件在整体或部分表达上存在高度相似，具体认定方法包括：

• 源代码比对：这是最直接的方法。如果被控侵权软件的源代码与原告软件的源代码高度相似或完全相同，则构成侵权。

• 目标程序比对：在无法获取源代码的情况下，可通过比对目标程序来判断。目标程序是源代码编译后的结果，虽然比对难度较大，但可通过复合校验法进行分析。

• 运行界面比对：对于一些标准化的软件，可通过比对软件的运行界面来推定代码的同一性。

• 功能比对：如果被控侵权软件与原告软件在功能、操作流程、错误提示等方面高度相似，尤其是存在相同的错误或特殊功能，也可能构成侵权。

3. 排除合理解释

即使存在“接触”和“实质性相似”，但如果被控侵权人能够提供合理解释，证明其软件是独立创作的，则不构成侵权。合理解释包括：

• 独立创作：被控侵权人能够证明其软件是基于独立开发，且开发过程与原告软件无关。

• 开源代码或公共领域代码：如果被控侵权软件中的相似部分来源于开源代码或公共领域代码，且这些代码不具有独创性，则不构成侵权。

• 有限表达：如果某种功能的表达方式极为有限，且被控侵权软件与原告软件的相似部分属于这种有限表达，则不构成侵权。

4. 举证责任

• 权利人举证：权利人需要提供初步证据，证明其对软件享有著作权，以及被控侵权软件与权利软件存在“接触”和“实质性相似”。

• 被控侵权人举证：如果被控侵权人对侵权指控提出异议，需提供反证，如独立创作的证据、合法来源的证据等。

5. 法律依据

• 《计算机软件保护条例》：明确了计算机软件的定义、著作权的归属以及侵权行为的认定标准。

• 《著作权法》：规定了著作权的保护范围、侵权行为的类型及法律责任。

• 《最高人民法院关于知识产权民事诉讼证据的若干规定》：在侵权表征明显且被控侵权人拒绝提供源程序的情况下，法院可推定侵权成立。

综上所述，软件版权侵权的认定需要综合考虑接触、实质性相似、合理解释以及举证责任等因素，最终由司法机关根据具体情况进行判断。