社保自动扣款只扣了医保，而养老保险没有被扣除，可能的原因有以下几种：

1. 扣款顺序问题 ：社保扣款通常是先扣养老保险，再扣医疗保险。如果养老保险的扣款已经成功，而医疗保险的扣款没有执行，这可能是因为养老保险的扣款金额已经足够支付本月的社保费用，导致医疗保险的扣款没有触发。

2. 账户余额不足 ：如果账户余额不足以支付所有应缴的社保费用，社保部门可能会先扣除医疗保险的费用，以确保职工的医保待遇不受影响。这种情况下，如果账户余额仍然不足，医疗保险的扣款可能会失败。

3. 系统或操作问题 ：有时候，由于系统故障或操作失误，可能会导致社保扣款只执行了部分项目。这种情况下，建议查询社保局的记录或联系相关的人力资源部门以核实扣款情况。

4. 分部门扣款 ：自2020年1月1日起，职工医保的征缴职能已经正式由社保部门划归医保部门。对于灵活就业参保人来说，职工养老部分缴费由社保部门负责扣缴，医保部分缴费由医保部门负责扣缴。如果医保部门没有成功扣款，可能是因为他们没有收到应缴的医保费用。

5. 协议签署问题 ：个人社保扣款需要去银行签署扣款协议。如果只办理了医保代缴手续而没有办理社保代缴手续，或者扣款协议没有正确签署，可能会导致社保扣款失败。

综上所述，如果社保自动扣款只扣了医保，建议首先检查账户余额是否足够支付所有应缴的社保费用，然后确认社保和医保的扣款是否已经正确设置和签署。如果问题仍然存在，建议联系社保局或医保部门的相关人员以获取进一步的帮助和解释。