大姨妈只来了三天不一定是因为怀孕，可能的原因有多种。

大姨妈，即月经，是女性生殖系统健康的重要指标。通常情况下，月经周期为28天左右，经期持续3至7天。月经周期和经期长度会受到多种因素的影响，包括但不限于：

1. 激素水平变化：女性体内的激素水平波动可能导致月经不规律。例如，压力、饮食、运动和药物等因素都可能影响激素水平，从而导致月经提前结束。

2. 卵巢功能异常：卵巢是女性生殖系统的重要组成部分，负责产生卵子和激素。如果卵巢功能异常，如多囊卵巢综合征等，可能导致月经不规律，包括经期缩短。

3. 子宫问题：子宫肌瘤、子宫内膜异位症等疾病可能导致月经不规律，包括经期缩短。

4. 其他健康问题：一些健康问题，如甲状腺功能异常、体重变化等，也可能影响月经周期和经期长度。

5. 怀孕：如果女性在排卵期内发生性行为且未采取避孕措施，怀孕是可能的。怀孕通常会导致月经停止，而不是经期缩短。如果女性在月经周期中出现其他怀孕迹象，如乳房胀痛、恶心等，可能需要进行妊娠测试以确定是否怀孕。

总结：大姨妈只来了三天不一定是因为怀孕，可能的原因有多种。如果女性出现月经不规律的情况，建议咨询医生以确定潜在的原因并采取适当的治疗措施。