小规模纳税人减免税款的会计分录需分两步处理：销售发生时确认收入与应交税费，月末未达起征点时将减免税款转入营业外收入（政府补助）。

1. 销售业务发生时
   借记“银行存款”或“应收账款”，贷记“营业收入”和“应交税费—应交增值税”。这一步反映正常销售收入的确认及增值税计提义务。

2. 月末确认免税时
   若月销售额未超过10万元（季度30万元），借记“应交税费—应交增值税”，贷记“营业外收入—政府补助”。此分录体现税款减免的会计处理，符合小微企业普惠性税收政策。

3. 特殊情况处理
   直接减免的增值税需通过“应交税费—应交增值税（减免税款）”科目过渡，最终转入“其他收益”；即征即退等退税情形需在实际收到退税款时确认收入，避免提前虚增利润。

提示：小规模纳税人需注意政策适用条件（如销售额标准），并确保分录与纳税申报表一致，避免税务风险。简化处理时可直接按“应交税费—应交增值税”结转营业外收入。