医院扣留医师执业证书属于违法行为，相关法律依据及处理方式如下：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第九条

   明确规定用人单位不得扣押劳动者的居民身份证、执业证书等证件，也不得要求提供担保或收取财物。

2. 《执业医师法》相关规定

   医师执业证书由卫生健康行政部门颁发，其他单位无权扣留。医疗机构可保管复印件用于人事管理，但离职后不得继续扣押。

二、处理建议

1. 协商解决

   首先与医院沟通，要求立即归还证件。若协商无果，可考虑通过法律途径**。

2. 投诉举报

   • 向当地卫生健康行政部门（如卫健委）投诉，要求责令医院退还证件并依法处罚。

   • 若涉及劳动纠纷，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，仲裁不受理则向人民法院起诉。

3. 法律救济

   • 若医院扣留证件导致无法执业，可依据《执业医师法》申请注销或备案变更。

   • 即使医院主张违约金，但若其存在未支付工资、社保等违法行为，劳动者仍可主张解除劳动关系。

三、注意事项

• 时效性 ：劳动争议仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益被侵害之日起计算。

• 备案要求 ：离职后需到新单位办理执业证书变更备案，否则可能影响后续执业。

通过上述方式，可有效维护自身合法权益，避免因医院违规行为造成更大损失。