如果夫妻双方都申报了100%的子女教育专项附加扣除，税务系统会自动按照规则进行处理，最终只会允许一方享受扣除。这种情况下，税务系统会优先选择扣除金额更高的一方，以避免重复扣除。如果双方扣除金额相同，则会随机选择一方作为扣除主体。

子女教育专项附加扣除政策要点：

1. 扣除标准：每个子女每月可扣除1000元（或2000元，视政策调整而定），全年累计最高可扣除1.2万元（或2.4万元）。
2. 申报方式：父母可以选择由其中一方按扣除标准的100%扣除，也可以选择双方分别按50%扣除。选择后，一个纳税年度内不可变更。
3. 适用范围：适用于子女接受全日制学历教育（包括学前教育、义务教育、高中阶段教育、高等教育等）的支出。
4. 注意事项：夫妻双方在申报时需避免重复申报，以免引发税务问题。

总结与提示：

建议夫妻双方在申报前充分沟通，明确扣除分配方式，确保符合政策规定。如果对政策有疑问，可咨询当地税务机关或通过个税APP查询相关信息。