农业银行电子询证函授权办理的核心流程包括：通过企业网银登录农行数字函证系统，使用项目经理级账号提交申请，并配合材料审核完成线上授权。

1. 准备材料与账号
   办理前需确保已开通企业网银功能，并准备好单位证件、经办人身份证、业务凭证等材料。若为审计用途，需由事务所分配项目经理和审计助理的配对账号（手机号作为登录账号），通过所内负责人申请后，系统会将密码发送至预留邮箱。

2. 登录系统提交申请
   访问农行数字函证系统官网（需通过企业网银入口），使用项目经理级账号登录，权限更高且无需额外授权。填写询证函内容时需准确录入交易时间、金额、对方账户等关键信息，上传相关业务凭证或变更证明文件。

3. 审核与授权确认
   银行收到申请后，会核对账户信息及材料真实性。如有加急需求，可联系经办人优先处理。审核通过后，系统生成电子询证函，经办人需在线签收，授权结果将通过邮箱或系统内通知反馈。

提示：全程线上操作高效便捷，但需注意账号权限区分与材料完整性，避免因信息错误延误流程。