工程款结算的税务处理需根据税种和结算方式分点进行，具体方法如下：

一、主要税种及处理方式

1. 增值税（销项税额）

   • 收到工程款时计入销项税额，结转收入时抵扣进项税额。

   • 甲供材业务中，若采用一般计税方式，需全额开具发票并计算销项税。

2. 城建税及附加

   • 按增值税税额计算，税率根据纳税人所在地分为7%、5%或1%。

   • 附加税费（如教育费附加）按增值税金额的3%缴纳。

3. 个人所得税

   • 分包企业需代扣代缴，税率通常为1%。

   • 企业向个人支付报酬时，需代扣代缴个人所得税。

4. 企业所得税

   • 工程结算收入确认后，按应纳税所得额缴纳企业所得税。

   • 采用完工百分比法确认收入，同时计提税金。

二、申报与缴纳方式

• 申报方式 ：可通过邮寄、数据电文（如电话语音、电子数据交换）办理申报。

• 代扣代缴 ：分包企业通常在工程所在地代扣代缴税款，跨省工程由总承包人在机构所在地代扣。

• 税款缴纳 ：通过银行转账等方式将税款划入国库。

三、注意事项

• 甲供材处理 ：需区分总额法和净额法，全额开票抵顶工程款时，需分别核算销项税和进项税。

• 递延税款 ：税金与收入差异部分需计入递延税款科目，待实际收款时分期缴纳。

• 合规性 ：遇特殊情况（如减税、免税）需及时向税务机关报告。

建议操作前咨询当地税务部门或专业顾问，确保税率和流程的准确性。