​​南京站候车厅位于南广场和北广场，两者均可进站候车，但功能侧重不同：南广场以普速列车为主且毗邻玄武湖，北广场以沪宁城际高铁为主且衔接长途汽车站，南北通过站内天桥连通，旅客可根据车次类型或交通接驳需求选择入口。​​

南广场是南京站的传统主入口，直接连接地铁1号线和玄武湖景区。其候车厅分为三层，一层设售票大厅和贵宾候车区，二层为普通候车室及重点旅客服务区，三层为综合候车区。建筑采用桅杆斜拉索设计，玻璃幕墙引入自然光，候车时可欣赏湖景。此处普速列车检票口较多，适合乘坐K/T/Z字头列车的旅客。

北广场为2014年扩建的新区域，紧邻地铁3/9号线和长途客运站。候车厅采用“高进低出”流线设计，二层设有城际高铁专用候车区，配备自助售票机和快速闸机。此处沪宁城际列车班次密集，从北广场进站可缩短换乘汽车或地铁的步行距离。

南北广场候车厅均配备无障碍电梯、母婴室和“158”**服务站，但商业布局略有差异：南广场餐饮店铺更密集，北广场则以便利店为主。若走错入口，可乘坐站内免费接驳车或通过天桥转换，全程约需5-8分钟。

建议旅客提前通过12306查询检票口信息：南广场进站适合普速列车及地铁1号线到达旅客，北广场更适合城际高铁及需要换乘汽车/地铁3号线的旅客。节假日可优先选择北广场以避开南广场人流高峰。