自然资源局与其他部门的关系需要根据具体职能和行政架构进行区分，主要情况如下：

一、与原国土资源局的关系

自然资源局是由原国土资源局整合其他部门职能组建的政府组成部门，二者并非同一单位。原国土资源局主要负责土地资源管理，而自然资源局职能范围更广，包括土地、矿产、森林、湿地、水、海洋等自然资源的统一管理。

二、与其他部委的关系

1. 不隶属于水利局

   水利局是独立部门，负责水资源管理、水利设施建设等职能，与自然资源局并行但无上下级关系。

2. 不隶属于发改委、住建部等

   自然资源局与发改委、住建部等部委无直接隶属关系，但可能在项目审批、规划协调等方面存在业务协同。

3. 与国家能源局等部委的协作关系

   在特定领域（如海洋能开发）可能存在联合指导或项目合作，但属于平行关系。

三、与下属事业单位的关系

自然资源局下属可能设有事业单位（如地质勘查院、规划院等），这些单位人员多为事业编制，存在政事不分的现象，但整体上仍属于自然资源系统。

四、与林业局的关系

在某些地区，自然资源和规划局与林业局可能合并组建，形成“两局合一”的模式，共同承担自然资源和生态环境管理职能。但需注意，这种合并是地方性调整，并非全国统一。

总结

自然资源局是一个综合性的政府组成部门，其职能涵盖多个领域，但与其他部委、原国土资源局均不构成隶属关系。具体业务协作需根据实际职能分工和行政规定进行。