自然资源局作为统筹自然资源管理、国土空间规划和生态修复的核心职能部门，其内设机构职责主要分为以下类别：
一、综合管理类部门
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办公室
负责机关日常运转，包括文电处理、机要档案、政务督查、新闻宣传、后勤保障及信息化建设，牵头组织重大会议活动和综合性文稿起草。 -
人事科（司）
承担机构编制、干部选拔任用、人事档案管理、教育培训及专业技术职称评审，指导自然资源人才队伍建设。
二、资源调查与登记类部门
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自然资源调查监测科（司）
组织实施自然资源基础调查、动态监测和分析评价，开展土地、水、森林等专项资源调查，管理调查监测成果。 -
自然资源确权登记科（司）
负责不动产统一登记、权籍调查及争议调处，管理登记信息平台，监督指导确权登记工作。
三、国土空间规划与用途管制类部门
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国土空间规划局
编制并监督实施国土空间规划及专项规划，划定生态保护红线、永久基本农田等控制线，开展国土空间开发适宜性评价。 -
国土空间用途管制司
执行国土空间用途管制制度，审核土地利用、城乡规划等事项，统筹区域协调和陆海空间布局。
四、资源开发利用与权益管理类部门
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自然资源开发利用与所有者权益科（司）
制定全民所有自然资源资产划拨、出让政策，承担资产核算和收益管理，监督自然资源市场交易。 -
耕地保护监督司
落实耕地占补平衡制度，监督耕地保护政策执行，组织实施土地整治项目。
五、生态保护与修复类部门
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国土空间生态修复司
统筹生态保护修复工程，监督生态红线制度实施，管理海洋、湿地等生态系统修复项目。 -
海洋预警监测司
负责海洋观测预报、灾害风险评估，发布海洋预警信息，参与重大海洋灾害应急处置。
六、法规监察与执法类部门
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法规监察科（司）
起草法规文件，承办行政复议、行政诉讼，监督自然资源政策执行情况，指导违法案件查处。 -
执法局
查处重大土地、矿产、测绘等违法行为，协调跨区域执法，监督地方执法队伍建设。
七、海洋与专项资源管理部门
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海域海岛管理司
监管海域海岛保护利用规划实施，审批海底电缆管道铺设，保护特殊用途海岛。 -
矿业权管理司
负责矿产资源勘查开采审批登记，监督管理矿业权市场，协调矿权纠纷。
以上部门职责依据不同层级（国家、省、市）可能有所整合或细分，例如市级机构常将“办公室”与“综合科”合并，而国家级部门则细化设立专项司局。