二建证被公司扣留的处理方式需根据证书获取方式及劳动合同条款综合判断，以下是具体建议：

一、确认证书归属

1. 公司出资考取

   若证书由公司全额出资购买，通常属于公司财产，离职后公司无权扣留。此时可要求公司返还证书，若拒绝，可通过以下途径解决：

   • 协商无果时 ：向当地劳动监察部门投诉，或向住建委等相关部门举报公司挂靠行为，要求注销原注册并重新注册。

   • 法律途径 ：若协商、投诉无效，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。

2. 个人自费考取

   若证书为个人缴费取得，离职后公司无权扣留。可要求公司立即归还，若公司以未缴费用等理由拒绝，同样适用上述法律途径。

二、协商与沟通

• 直接沟通 ：与公司人力资源部门或直接上级协商，明确告知其法律依据（如《劳动合同法》），要求合理归还证书。

• 书面协议 ：若协商中达成一致，可签订书面协议明确归还时间，避免后续纠纷。

三、行政投诉与劳动仲裁

1. 劳动监察部门投诉

   向当地劳动监察部门举报公司非法扣证行为，提供劳动合同、工资条等证据，要求部门介入处理。

2. 劳动仲裁

   若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还证书并赔偿损失。

四、法律诉讼

• 诉讼途径 ：仲裁不成的情况下，可向公司所在地的人民法院提起诉讼，通过法律手段维护权益。

五、其他应急措施

• 挂失与补办 ：若证书已注册至原单位，可向发证机构申请挂失补办，但需承担重新考证费用。

• 解除劳动关系 ：若公司存在其他违法行为（如拖欠工资），可同时主张解除劳动关系，并要求公司支付经济补偿。

注意事项

• 证据收集 ：全程保留与公司沟通记录、工资条、劳动合同等证据，为**提供支持。

• 时效性 ：劳动仲裁申请一般需在争议发生之日起1年内提出，诉讼则需注意诉讼时效。

建议优先通过协商解决，若涉及金额较大或公司拒不配合，可结合投诉、仲裁和诉讼手段维护自身权益。