根据相关法律法规和搜索结果，若二级建造师注销时企业不配合确认，可通过以下步骤处理：

一、法律途径申请强制注销

1. 提供解除劳动关系证明

   需向原聘用企业提交解聘书、劳动仲裁裁决书或法院判决书等有效证明材料。

2. 向省级建设主管部门申请

   若企业7日内未提供反对意见或证明材料，可向注册地省级建设主管部门提交注销申请。

   • 在线申请 ：登录“福建省建设执业资格注册管理系统”个人端，先申报注销手续并提交材料；

   • 申诉流程 ：若企业逾期未配合，可通过系统“**申诉”栏目上传证明材料，省注册中心将介入处理。

二、其他辅助措施

1. 挂失与补办

   • 登报声明证书丢失，申请补发；

   • 注销后需重新参加执业资格考试以恢复执业资格。

2. 保留沟通记录

   • 保存与原单位的书面或电子沟通记录，作为后续**的证据。

三、注意事项

• 注销影响 ：强制注销后，原注册信息将终止，但不会影响个人信用记录，但需重新考取证书；

• 地区差异 ：具体操作可能因省份政策不同存在差异，建议提前咨询当地建设主管部门。

通过以上步骤，可依法维护自身权益并完成证书注销。若涉及劳动纠纷，可同步向劳动仲裁部门申请仲裁。