公司入职体检不合格不录用的情况是否留档，需分情况讨论：

一、公务员入职体检不合格

1. 会留档作为招录依据

   体检结果由招录单位或指定机构存档，受隐私保护且仅用于本次招录。若复查仍不合格，将直接影响录用决定。

二、普通企业入职体检不合格

1. 通常不计入个人档案

   体检表仅作为招聘流程的一部分，不合格者不会被录用，因此一般不会被记录进个人档案。

2. 可能被公司留存（公费体检）

   若体检涉及公费项目，公司可能留存原件；自费体检则存复印件，用于后续管理或合规性审查。

三、法律依据与注意事项

• 解雇权与证据要求

  用人单位在试用期内可因不符合录用条件解除劳动合同，但需提供充分证据（如学历造假等），否则可能需支付经济补偿。

• 隐私保护

  体检结果涉及个人隐私，单位应严格保密，未经同意不得泄露。

总结 ：公务员体检不合格结果会正式存档并影响录用；普通企业通常不纳入个人档案，但可能被公司留存（公费体检）。具体以单位规定和录用类型为准。