五保和低保住院费用报销的主要区别在于保障对象、报销范围、报销比例和申请流程等方面。五保主要针对农村特困人员，保障范围更广，报销比例较高；而低保主要针对城市和农村低收入家庭，报销比例相对较低。以下是具体的区别：

1. 1.保障对象不同：五保：五保户主要是指农村中无劳动能力、无生活来源、无法定赡养人或抚养人的老年人、残疾人和未满16周岁的未成年人。五保制度旨在为这些特困人员提供基本生活保障，包括吃、穿、住、医、葬等方面的保障。低保：低保户是指家庭人均收入低于当地最低生活保障标准的城市和农村居民。低保制度主要针对低收入家庭，提供基本生活费用补助。
2. 2.报销范围不同：五保：五保户的住院费用报销范围较广，通常包括基本医疗费用、护理费用、药品费用等全部必要开支。部分地区还提供额外的医疗救助，确保五保户能够获得全面的医疗保障。低保：低保户的住院费用报销范围相对较窄，主要覆盖基本医疗费用。部分地区可能会根据实际情况提供一定的医疗救助，但总体上不如五保户全面。
3. 3.报销比例不同：五保：五保户的住院费用报销比例较高，通常可以达到90%以上，甚至全额报销。这是为了确保五保户能够获得足够的医疗保障，不因经济原因放弃治疗。低保：低保户的住院费用报销比例相对较低，一般在50%到80%之间。具体比例根据各地政策和低保户的具体情况有所不同。
4. 4.申请流程不同：五保：五保户的医疗费用报销通常由当地民政部门或指定的医疗机构直接处理。五保户在住院时只需出示相关证件，费用由医院先行垫付，之后由民政部门与医院结算。低保：低保户的医疗费用报销需要自行申请，通常需要提供住院费用清单、诊断证明、身份证明等材料。报销流程相对复杂，可能需要多次往返相关部门。
5. 5.其他保障措施：五保：除了住院费用报销，五保户还享有其他多项保障措施，如定期生活补助、住房保障等。这些措施共同构成了对五保户的全方位保障。低保：低保户主要依靠低保金维持生活，医疗费用报销是其中一项重要保障措施，但其他保障措施相对较少。

五保和低保在住院费用报销方面的主要区别在于保障对象、报销范围、报销比例和申请流程等方面。五保户享有更全面的医疗保障和更高的报销比例，而低保户则主要依靠低保金和相对较低的医疗费用报销。了解这些区别有助于更好地选择和申请适合自己的医疗保障措施。