政府查询低保户存款主要通过以下方式，结合了授权查询、系统比对和抽查机制：

1. 授权查询与系统比对

   民政部门需低保户或赡养义务人提供书面授权，将申请人信息上传至经济信息比对系统，系统可自动获取银行账户、支付宝/微信等账户的存款明细。

2. 直接查询银行账户

   在申请低保时，申请人需主动提供本人银行账号，民政部门可据此直接查询存款情况。部分情况下，民政部门会与银行合作，获取账户流水等详细信息。

3. 随机抽查与第三方协助

   并非所有低保户都会被核查，但民政部门会随机抽取样本进行抽查。可能委托第三方机构协助查询，或通过银行、住建等部门的信息共享平台获取数据。

4. 法律依据与监督机制

   根据《城市居民最低生活保障条例》，民政部门有权核查收入和财产，但需遵循合法程序。低保信息通常会公示，接受社会监督，防止虚假申报。

注意事项 ：低保户应如实提供财产信息，否则可能被取消资格。建议在申请时主动配合核查，避免因信息不实影响救助。