根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，纳税人虽设置账簿但账目混乱，属于税务机关有权核定应纳税额的情形之一。具体分析如下：

1. 法律依据

   《税收征收管理法》第三十四条明确规定，纳税人虽设置账簿但账目混乱，或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的，税务机关有权核定其应纳税额。

2. 核心要点

   • 账目混乱的判定标准 ：包括账簿记录混乱、凭证残缺、财务数据不完整等，导致税务机关无法通过正常查账程序确定应纳税额。

   • 核定征收的例外情形 ：特殊行业、特殊类型纳税人及一定规模以上的纳税人不适用核定征收，需由国家税务总局另行明确。

3. 其他相关情形

   除账目混乱外，税务机关还可核定应纳税额的情形包括：未设置账簿、擅自销毁账簿、申报计税依据明显偏低且无合理理由等。

结论 ：纳税人虽设置账簿但账目混乱，属于税务机关核定应纳税额的法定情形，需配合税务机关提供完整财务资料或接受核定征收。