​​分支机构注销总机构的核心流程包括：内部决策清算、税务工商注销、银行账户清理三大关键步骤，且需遵循“先分支机构后总机构”的法定顺序。​​

1. ​​内部决策与清算​​
   总机构需召开股东会或董事会形成注销决议，明确分支机构注销安排，并成立清算组。清算组需全面清查分支机构资产、债权债务，优先清偿员工工资、税款等，编制清算报告。若分支机构独立核算，需单独完成税务清算；若为非独立核算，可纳入总机构统一清算。

2. ​​税务与工商注销​​

   • ​​税务注销​​：分支机构需向税务机关提交清算报告、纳税申报表等材料，结清税款并缴销发票。税务部门审核后出具清税证明（部分地区支持线上办理，如上海电子税务局的“注销登记（本市分支机构适用）”模块）。
   • ​​工商注销​​：持清税证明、注销决议、营业执照等材料至市场监管部门办理工商注销，领取注销证明。部分地区（如重庆）支持“一件事”线上联办，同步注销食品经营许可等关联证照。

3. ​​总机构后续处理​​
   分支机构注销完成后，总机构需在电子税务局或线下窗口更新分支机构信息：

   • 若仍有其他分支机构，通过【总分支机构信息变更】删除已注销的分支机构；
   • 若无其他分支机构，需同步修改“总分机构类型”为“非总分机构”。

​​提示​​：总机构注销前必须确保所有分支机构已注销完毕，否则工商部门将驳回申请。建议提前咨询专业代理机构，规避税务审查风险与法律纠纷。