主治医师证补办流程主要包括登报挂失、材料准备、提交申请、审核缴费和领取新证五个关键步骤，具体操作需结合当地卫健部门要求。

1. 登报挂失
   证书遗失后需在市级以上报纸刊登声明，注明证书名称、管理号、持证人姓名及身份证号。部分省份可能要求同步在卫健部门官网公示。

2. 材料准备
   需提供身份证原件及复印件、近期两寸照片、学历及医师执业证明，填写《补发申请表》。委托他人办理需附加委托书和被委托人身份证。

3. 提交申请
   将材料递交至原发证机关（如卫生局或医院人事科），部分地区支持线上提交，但需现场核验原件。

4. 审核与缴费
   审核周期通常为1-2个月，通过后按标准缴纳工本费。若材料不全需补正，时间可能延长。

5. 领取新证
   审核通过后，持身份证到指定地点领取补办证书，部分省市提供邮寄服务。

补办流程可能因地区政策差异略有调整，建议提前咨询当地卫健部门或原发证机构，确保材料齐全、流程高效。