在药房买药时，​​刷医保卡可按政策报销部分费用（如乙类药自付10%、甲类药全额报销），剩余金额从医保卡扣除，超出限额需自费；而自费需全额支付且无任何报销​​，二者在价格、报销规则、药品范围和购药流程上存在显著差异。

医保卡支付价格受政策优惠，部分药品费用由医保基金承担，个人仅需支付自付部分（如乙类药10%），尤其慢性病患者长期用药能显著降低成本；自费需承担全部费用，尤其是高价进口药或目录外药品，费用更高。报销比例方面，医保卡支付根据当地政策按比例报销（如门诊50%-70%），退休人员更高，而自费则无报销。药品范围上，医保卡仅限使用医保目录内药品（甲类全额报、乙类部分自付），丙类药品不可用；自费不受目录限制，但成本更高。流程上，医保卡需凭医生处方在定点药店购药，系统自动结算报销金额；自费仅需凭处方或自由选购，直接支付全款。医保卡有定点药店、参保状态及刷卡限额等限制，而自费无这些约束。需注意药品目录分类（甲乙类）和处方要求，优先选择医保卡支付以节省费用，但紧急或特殊需求时可选择自费购药。