智慧团建管理员替换电子档案的核心步骤是：由上级团委或本级管理员操作，通过“团员管理-电子数据库”菜单找到目标档案，点击“替换”按钮重新上传PDF文件（不超过20M），提交后需上级审核（部分情况无需审核）。

1. 明确操作权限
   团(总)支部团员的档案需上级团(工)委管理员替换，替换后由上级领导机关审核；团(工)委或团的领导机关本级团干部的档案可由本级管理员直接替换，部分情况无需二次审核。

2. 具体操作流程
   管理员登录系统后，进入“团员管理-电子数据库”或“团干部管理-本级团干部电子数据库”，找到对应团员信息，点击“操作”栏的“替换”按钮，重新上传PDF格式的《入团志愿书》电子档案，确保文件大小符合要求。

3. 后续处理与注意事项
   替换后需关注审核状态，若上级审核未通过，需重新修改并提交；部分单位要求同步提交《团员电子档案申请替换汇总表》等辅助材料，需提前确认流程。

替换电子档案是智慧团建系统维护团员信息准确性的关键操作，管理员应严格遵循权限和步骤，确保档案更新高效合规。