​​新疆宗教演变历经多阶段形成当前以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局，历史进程中祆教、佛教、道教、摩尼教、景教、基督教及天主教等均在此留下印记，而文化交融始终是主线​​。

佛教在公元前1世纪传入新疆后逐渐鼎盛，在塔里木盆地周边形成于阗、疏勒、龟兹、高昌等著名佛教中心，造像、壁画等艺术成就享誉世界；祆教于公元前4世纪经中亚传入，至南北朝至隋唐时期流行全疆，高昌政权专设机构管理；5世纪道教随汉人迁徙传入，长期局限于吐鲁番、哈密，清代扩展至全疆；6世纪摩尼教伴随回鹘人迁入传播，建立寺院与经典体系；景教在唐代随粟特商人零星传播，至元代因回鹘群体改宗而一度兴盛。9至10世纪伊斯兰教通过喀喇汗王朝传入南疆，经持续宗教战争推行至和田地区，14世纪在东察合台汗国强制措施下覆盖北疆，至16世纪初确立主要宗教地位，同时导致祆教、摩尼教等地域性消亡。明清时期藏传佛教在卫拉特蒙古族群中扎根，成为与伊斯兰教并存的重要信仰；18世纪后基督教、天主教伴随近代贸易与殖民活动再度传入，与本土萨满传统形成多元共生态势。

新疆始终维持多宗教并存格局，文化适应始终贯穿宗教本土化进程，官方政策与民间互动共同维系社会稳定和谐，印证了文明对话的历史价值。