清朝时期新疆存在的宗教呈现​​多元并存​​的格局，​​伊斯兰教​​和​​藏传佛教​​是两大主要宗教，同时存在​​道教、基督教、天主教、东正教​​等，并保留​​萨满教​​等原始信仰遗俗。这一时期的宗教格局既延续了历史传统，又因清政府治理和民族迁徙而动态演变。

1. ​​伊斯兰教​​：自16世纪成为新疆主要宗教后，在清朝时期进一步巩固，形成逊尼派、什叶派和苏非派等教派共存的局面，尤其在维吾尔、哈萨克等民族中占主导地位。
2. ​​藏传佛教​​：17世纪卫拉特蒙古人接受藏传佛教后，该教在北疆地区迅速发展，清政府为巩固统治，支持蒙古贵族兴建寺院，推动其与伊斯兰教并立。
3. ​​道教​​：清代随内地官兵、移民传入新疆全境，乌鲁木齐、哈密等地道观复兴，但信徒规模较小，多与汉族移民相关。
4. ​​基督教与天主教​​：18世纪后由传教士引入，主要在乌鲁木齐、伊犁等城镇传播，信徒包括部分欧洲移民和本地改宗者。
5. ​​东正教​​：随俄罗斯移民传入，集中在伊犁、塔城等边境地区，信徒以俄罗斯族为主。
6. ​​原始宗教遗存​​：萨满教在哈萨克、蒙古等民族中仍有保留，表现为自然崇拜和巫术习俗，虽无正式寺院，但影响日常生活。

清朝新疆的宗教格局体现了​​“一教为主、多教并存”​​的历史特点，各宗教在清政府的羁縻政策下相对和谐共存，为今日新疆多元文化奠定了基础。