直接回答问题： 当您在天然气充值时，尽管选择了充值100立方，但系统却显示49立方，这可能是由于以下几个原因导致的。

1. 阶梯气价政策： 许多地区实行阶梯气价，根据用户的用气量分为多个阶梯，每个阶梯的价格不同。如果您在充值前已经使用了部分天然气，导致您当前的用气量处于较高的阶梯，那么充值100立方天然气时，实际到账的立方数可能会减少。

2. 系统误差或技术故障： 天然气充值系统的技术故障或系统误差也可能导致显示的立方数与实际不符。这可能是由于系统更新、数据同步问题或软件错误引起的。

3. 预存金额不足： 如果您选择的充值金额不足以购买100立方天然气，系统会根据您预存的金额计算出您能购买的最大立方数，并显示在系统中。

4. 特殊优惠或折扣活动： 有时候，天然气供应商会推出特殊优惠或折扣活动，例如充值送气、打折优惠等。如果您在充值时享受了此类优惠，实际到账的立方数可能会与您选择的充值立方数不同。

5. 账户余额或欠费： 如果您的天然气账户存在余额或欠费情况，也可能导致实际到账的立方数与您选择的充值立方数不符。系统会先扣除您的账户余额或欠费，再根据剩余金额计算出您能购买的最大立方数。

总结提示： 如果您在天然气充值时遇到显示立方数与预期不符的情况，建议您及时联系天然气供应商或充值平台的客服，了解具体原因并解决问题。您也可以检查您的账户信息，确保没有未结清的余额或欠费。