北京、上海不使用全国统一高考卷的主要原因如下：

1. 教育资源与政策自主性

   北京、上海作为经济发达、教育资源丰富的城市，拥有更多教育自主权。例如，两地可根据本地实际情况选择教材（如上海使用沪教版教材）和课程标准，自主命题以适应教育需求。

2. 新高考体系差异

   上海、北京实施新高考改革，增加了自主招生和春考制度，导致考试形式与全国统一卷不兼容。这种差异要求两地命题需符合本地招生政策。

3. 维护教育公平与考生真实水平

   统一试卷可能因地区教育水平差异导致“一刀切”现象。例如，教育资源薄弱地区考生可能因试卷难度过高或过低而失利，自主命题可更精准地评估本地考生能力。

4. 历史发展与实践经验

   上海自1985年起率先自主命题，北京紧随其后。这种模式经多年实践，被认为能在保障公平的兼顾本地教育特色。

北京、上海的自主命题权源于教育自主性、政策创新及对公平性的考量，而非单纯追求试卷难度统一。