新三板挂牌公司股份转让的限制主要包括以下五类，依据《公司法》及《业务规则》规定执行：

1. 发起人持股限制

   根据《公司法》第一百四十一条，发起人持有的公司股份自公司成立之日起一年内不得转让。若公司挂牌前未满一年或股改后存续期不足一年，同样适用该限制。

2. 控股股东和实际控制人持股限制

   实行“两年三批次”制度：

   • 挂牌当日、满1年、满2年各解除三分之一股份转让限制；

   • 若挂牌前12个月内曾转让，则受让方需遵守相同限制；

   • 做市商通过特定渠道取得的库存股不受限制。

3. 其他股东持股限制

   除控股股东、实际控制人外，其他股东持股转让无限制。

4. 董监高持股限制

   • 任职期间每年转让股份不得超过持股总数的25%；

   • 离职后半年内不得转让股份；

   • 《业务规则》未作其他特别规定。

5. 增资部分股份限制

   挂牌前12个月内增资的股份，自增资完成之日起1年内不得转让。

总结 ：新三板股权转让限制以《公司法》为核心，辅以《业务规则》细化，重点保护发起人、控股股东及董监高的权益，同时保障市场流动性。