根据2022年《工程勘察设计收费标准》及相关规定，5000万元工程设计的收费标准如下：

一、收费方式与基准

1. 计费基数

   以工程总投资为基准，收费公式为： $$ \text{工程勘察设计费} = \text{工程总投资} \times \text{费率} $$

   其中，建筑工程造价占比80%时，勘察设计费率为2%，则费用为： $$ 5000万 \times 80% \times 2% = 80万元 $$

2. 分阶段收费

   • 初步设计 ：按建筑面积或工程总投资计算，每平方米50-200元，或占总投资的1%-3%；

   • 施工图设计 ：按建筑面积或工程总投资计算，每平方米50-200元，或占总投资的1%-2%。

二、调整系数

• 专业调整系数 ：建筑、市政等专业为1.0；

• 附加调整系数 ：改扩建项目为1.1-1.4，复杂项目可能更高；

• 工程复杂程度调整系数 ：一般、较复杂、复杂项目分别对应不同系数。

三、其他费用

• 施工图预算 ：需单独计算，按设计费乘以1.1系数；

• 技术服务费 ：如规划调查、技术咨询等，按工日85元计算。

四、政策说明

• 总投资≥500万元的项目实行政府指导价，≤500万元实行市场调节价；

• 设计费按进度分期支付，预付20%作为定金。

以上信息综合了行业通用标准及权威来源，具体费用需结合项目类型、复杂度及地区差异进一步协商确定。