​​分公司与总公司在税收上的核心区别在于纳税主体资格与核算方式：分公司不具备独立法人资格，需与总公司合并纳税，盈亏互抵；而子公司（若涉及对比）作为独立法人需单独纳税。​​ ​​关键差异包括企业所得税汇总缴纳、增值税属地申报规则，以及分支机构是否享受税收优惠等实操要点。​​

分公司作为总公司的附属机构，其财产和法律责任均归属于总公司。企业所得税方面，分公司需与总公司合并报表，盈亏相抵后由总公司汇总缴纳，或按比例就地预缴（跨地区经营时）。增值税则通常需在分公司所在地独立申报，但连锁企业等特殊情形可申请汇总纳税。分公司因非独立法人，一般无法单独享受区域性税收优惠。

子公司作为独立纳税主体，需全额独立计算企业所得税，且与母公司之间的交易需符合独立交易原则（如服务费需开具发票并纳税）。增值税同样需在机构所在地缴纳，但母子公司间的货物移送可能触发视同销售规则。子公司可独立申请税收优惠，但需满足当地政策条件。

​​提示：​​ 企业选择分支机构形式时，需综合考量税负成本、管理复杂度及业务布局。汇总纳税虽可平衡盈亏，但可能增加合规成本；独立纳税则更灵活但税负不可转移。建议结合《跨地区经营汇总纳税企业得税征收管理办法》等政策进行税务规划。