​​集团公司和子公司纳税的核心区别在于纳税主体和税务处理方式：集团公司通常合并报表但各子公司独立纳税，而子公司作为独立法人需单独申报缴税，但关联交易需符合独立交易原则。​​

1. ​​纳税主体差异​​：集团公司本身可能不直接经营，纳税以子公司为主；子公司具备独立法人资格，需按属地原则缴纳增值税、所得税等，税务责任与母公司分离。

2. ​​合并报表与独立申报​​：集团公司可合并财务报表，但税务上子公司需独立计算应纳税额；跨地区经营时，子公司需在注册地缴税，避免重复征税需依赖税收协定。

3. ​​关联交易税务风险​​：母子公司间的资金、服务等交易需遵循市场价原则（独立交易原则），否则可能被税务机关调整利润并补税，尤其是跨境交易需符合OECD转移定价规则。

4. ​​税收优惠差异​​：子公司可享受当地优惠政策（如高新企业税率），而集团公司整体无法直接适用；但通过税务筹划，母公司可间接利用子公司优惠降低税负。

​​合理规划母子公司架构和交易流程，既能合规节税，又能规避稽查风险，专业税务顾问的介入尤为关键。​​