‌分公司付款发票开给总公司是常见的企业财务操作，但需注意‌三点核心要点：‌① 需符合"三流合一"原则（资金流、发票流、货物流）‌；‌② 需总公司授权并留存证明文件‌；‌③ 增值税专用发票需确保抵扣链条完整‌。

‌分点解析：‌

1. ‌法律依据‌
   根据《发票管理办法》，发票开具方与实际销售方必须一致。若分公司代付款，需由总公司开具发票，并附书面委托协议，明确三方（总公司、分公司、供应商）权责关系。

2. ‌税务风险防范‌

• ‌增值税处理‌：总公司开具发票后，需确保进项税由实际付款方（分公司）传递至总公司抵扣，避免税务稽查风险。
• ‌企业所得税‌：分公司需将代付款项作为"内部往来"处理，避免成本重复列支。

3. ‌操作实务建议‌

• 签订三方协议，明确分公司为代付主体；
• 在发票备注栏注明"由XX分公司代付"；
• 总公司需同步登记台账，确保资金与发票匹配可追溯。

‌总结‌：该模式可行但需规范流程，建议咨询税务机构定制方案，避免引发虚开发票争议。