非独立核算分公司的个人所得税申报需根据员工工资发放方和分公司职能综合确定，具体如下：

一、申报主体确定

1. 工资由分公司发放

   若分公司直接支付员工工资、奖金等所得，需由分公司在经营地主管税务机关申报缴纳个人所得税。

2. 工资由总公司发放

   若总公司统一核算并代扣代缴员工工资，由总公司汇总申报个人所得税。具体流程包括：

   • 总公司统一计算全公司员工个税，开具总税单标注各分公司员工税前工资、个税总额等；

   • 总公司代扣代缴税款，并向税务机关申报。

二、申报地点选择

• 分公司所在地 ：若分公司有实际经营场所且员工在当地工作，可选择经营地主管税务机关申报；

• 户籍或经常居住地 ：若员工无经营地且无户籍，向户籍地或经常居住地主管税务机关申报。

三、申报周期与流程

• 月度申报 ：由扣缴义务人（分公司或总公司）次月7日内完成申报并缴税；

• 特殊情况处理 ：若员工存在两处及以上所得或年收入超12万元，需自行申报并扣除已扣税款。

四、注意事项

• 非独立核算分公司的所得税（如增值税、附加税费）通常由总公司汇总申报；

• 分公司仅作为办事处且无独立核算时，建议与总公司明确税务责任划分。

总结 ：非独立核算分公司的个税申报需根据工资发放方和经营地确定申报主体，分公司发放工资则由分公司申报，总公司发放则由总公司汇总申报。