100万含税金额开具9%发票的税费计算如下：

一、基础税费计算

1. 增值税

   • 若按普通发票开具，增值税=100万÷1.09×9%≈8.26万（若分季度开具且季度销售额≤30万，可享受1%征收率）

   • 若按专用发票开具，增值税=100万×9%=9万

2. 附加税

   • 以增值税为基数，附加税=增值税×12%×50%

   • 若增值税8.26万，附加税=8.26万×12%×50%≈5352元

   • 若增值税9万，附加税=9万×12%×50%≈5400元

3. 所得税

   • 个体工商户查账征收：应纳税所得额=100万×10%（假设利润率），应纳税额=应纳税所得额×5%-35%

   • 若适用5%税率，应纳税额=10万×5%=5000元

   • 若适用20%税率（如企业分红），应纳税额=100万×20%=20万

二、综合税费

• 普通发票 ：增值税8.26万+附加税5352元+所得税5000元≈13.79万

• 专用发票 ：增值税9万+附加税5400元+所得税5000元≈10.04万

三、注意事项

• 若企业符合小型微利企业条件，企业所得税可享受5%优惠；

• 个人所得税需根据收入类型（如工资、分红等）单独计算，与增值税无关。