供应链库存管理中存在诸多主要问题，这些问题涉及多个方面。以下是对这些问题的详细归纳：
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信息共享程度低：供应链环境下，时间与速度被视为提高企业竞争优势的主要来源，但许多企业的信息系统没有实现网络化，供应链成员企业间数据资源传递效率低下，严重制约了供应链管理效益。由于数据资源的垄断，成员企业间的供应链库存管理信息无法共享，导致企业对客户需求不能及时做出快速有效的反应，无法做到实时准确分享供应链各成员企业的信息。
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缺乏合作与协调性：供应链是一个有机整体，需要各成员企业充分发挥各自独特的竞争优势，才能提高供应链系统整体的竞争能力。企业间往往缺乏相互信任，这是供应链成员企业间合作关系不稳固的根本原因。企业内部虽然有各种激励机制以加强部门间的合作与协调，但当涉及到企业之间时，建立有效的监督机制和激励机制就变得困难得多。
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供应链不确定性：企业在制定需求计划时，无法顾及系统中不确定因素的影响，如企业内部突发事件引起的生产中断、供应商的意外变故导致的缺货以及市场变化引起的产品需求波动等，这些都会对安全库存产生影响。订货提前期、货物运输状况、原材料质量、生产过程时间和运输时间等因素也存在不确定性，增加了库存管理的难度。
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未形成集成化供应链：供应链管理系统没有协调一致的计划，供应链成员企业各自为政，从短期效益出发，片面强调个体利益最大化，影响整体最优。这种分散的决策方式导致供应链整体效率低下，无法实现资源的优化配置。
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库存控制策略简单化：许多公司对所有物品采用统一的库存控制策略，没有反映不同物品供应与需求中的不确定性。在传统的库存控制策略中，多数是面向单一企业的信息基本上来自企业内部，其库存控制没有体现供应链管理的思想。
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产品设计未考虑供应链库存成本：现代产品设计与制造技术的出现使产品的生产效率大幅度提高，但是供应链库存的复杂性却常常被忽视。结果所有节省下来的成本都被供应链上的分销与库存成本抵消了。同样在引进新产品时，如果不注意供应链的规划，也会由于运输时间过长、库存成本高等原因而无法获得预期利润。
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对用户服务的理解不恰当：供应链管理的绩效好坏应该由用户来评价或者以对用户的反应能力来评价。然而对用户的服务的理解与定义各不相同导致对用户服务水平的差异。例如一些企业采用订货满足率来衡量用户服务水平但这一指标并不能帮助发现哪家供应商交货迟了还是早了以及订货延迟水平等问题。
供应链库存管理面临着多方面的问题与挑战，包括信息共享不足、合作协调性差、不确定性因素多、未形成集成化供应链、库存控制策略简单化、产品设计未考虑供应链库存成本以及对用户服务的理解不恰当等。