关于员工手册已签字后不承认的问题，处理方式需结合具体情况分析，主要分为以下情形：

一、员工手册的法律效力基础

1. 签字的法律效力

   员工签字通常意味着知晓并认可手册内容，若手册制定程序合法、内容合规，则具有法律约束力，可视为劳动合同的组成部分或劳动规章制度。

2. 公示程序的重要性

   员工手册需通过民主讨论、协商、公示等程序，才能对全体员工产生约束力。若仅要求签字而未进行上述程序，可能导致手册被认定为无效。

二、不承认签字的常见情形

1. 非真实意思表示

   • 欺诈或胁迫 ：若员工能证明签字时受欺诈（如虚假宣传）或胁迫（如威胁就业），则签字行为无效。

   • 重大变更未告知 ：手册内容重大变更后未依法履行民主程序或未告知员工，员工可主张变更无效。

2. 内容违法或显失公平

   • 违反劳动法强制性规定（如低于最低工资标准）或存在明显不公平条款（如霸王条款），法院或仲裁委可能认定条款无效。

三、处理建议

1. 收集证据

   • 保存签字文件、邮件、录音等，证明签字过程是否存在欺诈、胁迫或程序瑕疵。

   • 收集员工手册修订前后的对比材料，以及未告知员工的证据（如未召开会议记录）。

2. 协商解决

   • 尝试与员工沟通，说明情况并寻求共识。部分企业通过协商调整不合理条款，避免纠纷。

3. 法律途径

   • 若协商失败，可向劳动仲裁部门申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。需证明签字非自愿、内容违法或程序不当。

   • 在诉讼中，法院会综合评估签字真实性、手册合法性及企业责任，作出最终裁决。

四、注意事项

• 地域差异 ：不同地区对员工手册的合法性要求存在差异，建议咨询当地劳动部门或律师。

• 时效性 ：劳动争议一般需在法定时效内（如1年）提起诉讼，超过时效可能影响**效果。

通过以上分析，企业需在制定和执行员工手册时，严格遵循法定程序，确保内容合法合规，以降低法律风险。